Far Cry 3 представляет собой шутер от первого лица. Действие игры происходит на вымышленных островах Рук, тропическом архипелаге, населённом пиратами и наёмниками. Игрок управляет Джейсоном Броди и может выполнять миссии и цели разными способами.

Несколько улучшений были сделаны по сравнению с его приквелом, и это можно увидеть в общем более плавном и сбалансированном игровом процессе. Как и в предыдущей игре, вы будете командовать различными турелями и транспортными средствами, которые добавят огневой мощи, но оставят вас с рельсовым геймплеем. Одним из новых видов оружия является реактивный ранец, который позволяет вам прыгать и полулетать с неограниченным боезапасом как часть нового экзоскелета. Окружающая среда может быть уничтожена или использована в ваших интересах, стрельба по бочкам или определенным растениям уничтожит ближайших вражеских солдат.

Сюжет сосредоточен на новой холодной войне между Китаем и Соединенными Штатами из-за РЗЭ (редкоземельных элементов) и манипуляции ими Менендесом. Акцент делается на беспилотных дронах и других роботизированных технологиях — впервые в серии. Еще одним новшеством для серии является возможность настраивать многопользовательские комплекты снаряжения перед каждой миссией, а также гораздо менее линейная кампания. Теперь игрок может делать выбор на протяжении всей сюжетной линии, который может повлиять на небольшие аспекты, такие как внешний вид NPC, вплоть до важных решений, которые могут полностью изменить концовку.

Игра представляет собой шутер от первого лица и большую часть игрового процесса заимствует из первой игры серии. В игре убрана возможность выглядывать из-за угла (однако солдаты-клоны армии репликантов всё ещё могут так делать), на замену которой введена система укрытий — игрок может использовать некоторые объекты чтобы создать импровизированное укрытие — например, опрокинуть стол или открыть дверь автомобиля. Кроме обычного перемещения у игрока есть показатель «усталости» и возможность совершать кратковременную пробежку по прямой (спринт).