Продолжение шпионского боевика делает упор на сюжет и разнообразие заданий. Агент Гейб Логан скрывается от правительства и одновременно пытается остановить распространение вируса Syphon Filter. Миссии чередуют стелс, перестрелки и работу под прикрытием, а уровни стали крупнее и насыщеннее. Вторая часть заметно улучшила постановку, управление и подачу истории, закрепив серию как один из лучших экшенов на PS1