24 июля 1998 года. В окрестностях города Раккун-Сити начали происходить чудовищные убийства. В полицейских рапортах указывалось, что нападения совершались большими группами, а жертвы были как будто съедены. Полиции не удалось найти убийц, и тогда к делу привлекли специальный отряд «S.T.A.R.S.» (англ. Special Tactics And Rescue Squad — Специальный Тактический Спасательный Отряд), разбитый на команды «Альфа» и «Браво».

Геймплей похож на предыдущую часть: в нем отменена полоса адреналина и добавлены фаталити-удары для казни ослабленных врагов. Однако, в отличие от предыдущей игры, Герберт - единственный игровой персонаж, и разблокируемая возможность играть за монстра отсутствует.

Действие игры происходит в одноимённом вымышленном американском городе. Сюжет разворачивается вокруг писателя Гарри Мэйсона (англ. Harry Mason), который ищет в Сайлент Хилле свою пропавшую приёмную дочь Шерил (англ. Cheryl). В городе он обнаруживает религиозный культ, пытающийся провести ритуал с целью возрождения божества, которому этот культ поклоняется. В игре присутствует пять разных концовок, включая одну шуточную.