Действие игры происходит в одноимённом вымышленном американском городе. Сюжет разворачивается вокруг писателя Гарри Мэйсона (англ. Harry Mason), который ищет в Сайлент Хилле свою пропавшую приёмную дочь Шерил (англ. Cheryl). В городе он обнаруживает религиозный культ, пытающийся провести ритуал с целью возрождения божества, которому этот культ поклоняется. В игре присутствует пять разных концовок, включая одну шуточную.