Лара Крофт — археолог с пушками, готовая взорвать любую пирамиду, которая не дала ей карту к сокровищам. Она прыгает, бегает и стреляет, как будто ей за это платят, хотя на самом деле она просто ищет древности, чтобы разбогатеть и купить себе ещё одну пару некомфортных ботинок. Лара уничтожает древних монстров и решает головоломки так, как будто загадки — это просто ещё один способ показать, как круто она выглядит в перерывах между спасением мира!

Сюжет игры строится вокруг Спайдермена, когда он пытается очистить своё имя после того, как его подставил двойник и он стал разыскиваемым преступником, а также должен помешать вторжению симбиотов, организованному Док Оком и Карнажем.

Syphon Filter 3 продолжает историю Гейба Логана, расследующего заговор вокруг биологического оружия. Игрок проходит миссии по всему миру: скрытные операции, спасение заложников, диверсии и перестрелки. В отличие от предыдущих частей, здесь больше сюжетных флэшбеков и вариативных заданий. Геймплей стал динамичнее, а уровни — разнообразнее и масштабнее.